<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<rss xmlns:content="http://purl.org/rss/1.0/modules/content/" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:sy="http://purl.org/rss/1.0/modules/syndication/" xmlns:atom="http://www.w3.org/2005/Atom" version="2.0">
  <channel>
    <title>انفورماتیک در زیست شناسی، بهداشت و غذا</title>
    <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/</link>
    <description>انفورماتیک در زیست شناسی، بهداشت و غذا</description>
    <atom:link href="" rel="self" type="application/rss+xml"/>
    <language>fa</language>
    <sy:updatePeriod>daily</sy:updatePeriod>
    <sy:updateFrequency>1</sy:updateFrequency>
    <pubDate>Sat, 22 Nov 2025 00:00:00 +0330</pubDate>
    <lastBuildDate>Sat, 22 Nov 2025 00:00:00 +0330</lastBuildDate>
    <item>
      <title>افزایش تولید رنگدانه ویولاسئین در جانتینوباکتریوم لیویدوم از طریق تکامل آزمایشگاهی سازشی</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_235193.html</link>
      <description>ویولاسئین یک رنگدانه بنفش نامحلول در آب است که توسط چندین گونه از باکتری‌های گرم‌منفی از جمله &amp;amp;nbsp;جانتینوباکتریوم لیویدوم تولید می‌شود. این رنگدانه دارای طیف وسیعی از فعالیت‌های زیستی از جمله خواص ضد سرطانی، باکتریواستاتیک و آنتی‌بیوتیکی، ضد قارچی، ضد ‌انگلی و ضد ویروسی است. با این وجود، به دلیل بازده پایین تولید، هنوز به مرحله تولید صنعتی نرسیده است. هدف اصلی مطالعه حاضر، استفاده از رویکرد تکامل آزمایشگاهی سازشی (ALE) بر پایه اصول تکامل داروینی با هدف افزایش بازده تولید ویولاسئین در جانتینوباکتریوم لیویدوم بود. در ابتدا، اثر غلظت‌های مختلف آمپی‌سیلین بر تولید ویولاسئین و رشد باکتری بررسی شد. سپس با استفاده از روش پاساژ متوالی در فلاسک‌های ارلن مایر در حضور غلظت‌های مختلف آنتی‌بیوتیک آمپی‌سیلین (5/0، 6/0، ... ،1 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر) آزمایش ALE انجام شد. در هر غلظت، 20 پاساژ صورت گرفت. پس از 20 پاساژ، باکتری به روی محیط کشت جامد حاوی آمپی‌سیلین منتقل شد و کلنی‌های مقاوم به آنتی‌بیوتیک برای انتقال به مرحله بعد انتخاب گردیدند. برای بررسی نحوه اثر آنتی‌بیوتیک آمپی‌سیلین بر تولید رنگدانه ویولاسئین و پیش‌ساز آن یعنی اسید آمینه L-تریپتوفان (L-Trp) از روش کروماتوگرافی مایع با کارآیی بالا (HPLC) استفاده شد. نتایج نشان داد که در حضور 4/0 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر از آنتی‌بیوتیک آمپی‌سیلین تولید ویولاسئین از &amp;amp;nbsp;56 میلی‌گرم بر ‌لیتر به حدود 132میلی‌گرم بر ‌لیتر &amp;amp;nbsp;افزایش یافت. با انجام ALE یک سویه تکامل یافته مقاوم در برابر 1 میلی‌گرم بر میلی‌‌لیتر از آمپی‌سیلین بدست آمده که قادر به تولید 420 میلی‌گرم بر ‌لیتر &amp;amp;nbsp; از ویولاسئین بود. همچنین بررسی‌های بیشتر نشان داد که در حضور آمپی‌سیلین تولید اسید آمینه L-تریپتوفان به شکل معناداری نسبت به شرایط کنترل افزایش یافت (از 62/0 میکروگرم بر میلی‌لیتر&amp;amp;mu;g/mL به95/0 میکروگرم بر میلی‌لیتر ). بر اساس نتایج حاصل از این مطالعه می‌توان گفت که آمپی‌سیلین می‌تواند از طریق تحریک تولید اسید آمینه L- تریپتوفان در افزایش تولید ویولاسئین نقش‌بازی کند.&amp;amp;nbsp;&amp;amp;nbsp;</description>
    </item>
    <item>
      <title>ارزیابی واکسن خوراکی ویبریو هاروی تهیه شده از سویه بومی در ماهی سی‌بس آسیایی</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_235529.html</link>
      <description>ویبریوز ناشی از ویبریو هاروی یکی از بیماری‌های مهم در ماهی سی‌بس آسیایی است که منجر به تلفات گسترده، کاهش رشد و خسارات اقتصادی قابل ‌توجه در آبزی‌‌پروری می‌شود. این مطالعه با هدف ارزیابی اثربخشی واکسن خوراکی کشته ‌شده ویبریو هاروی با ادجوانت نانوکیتوزان بر ایمنی و بقای ماهی سی‌بس آسیایی انجام شد. تعداد ۱۸۰ بچه‌ ماهی (میانگین وزن ۱۰ گرم) به سه گروه تقسیم شدند: گروه کنترل (بدون واکسن)، گروه واکسینه‌ شده با نانوکیتوزان و گروه واکسینه ‌شده بدون ادجوانت. واکسیناسیون خوراکی در دو نوبت (روزهای 0 و 14) و در هر نوبت به‌صورت سه بار تغذیه در روز صورت گرفت. همه گروه‌ها به ‌مدت ۱۲ هفته در شرایط یکسان نگهداری و روزانه معادل ٪۴ وزن بدن تغذیه شدند. در روز ۷۰، چالش بیماری‌زایی بصورت تزریق صفاقی باکتری زنده ویبریو هاروی به ماهیان انجام شد و تلفات طی ۷ روز ثبت گردید. گروه دریافت‌کننده واکسن با نانوکیتوزان پاسخ ایمنی قوی‌تر (p&amp;amp;lt;0.05)، بقای بالاتر و رشد بهتری نسبت به گروه کنترل داشت. این مطالعه یکی از اولین پژوهش‌ها در ایران است که از سوش بومی ویبریو هاروی و نانوکیتوزان خوراکی به‌عنوان ادجوانت استفاده کرده و نوآوری‌های کلیدی آن محسوب می‌شوند. این یافته‌ها نشان‌دهنده پتانسیل واکسن خوراکی با نانوکیتوزان در کنترل ویبریوز است و می‌تواند راهگشای تحقیقات آینده برای توسعه واکسن‌های خوراکی مؤثر در آبزی‌پروری باشد.</description>
    </item>
    <item>
      <title>مدل‌سازی ساختار سه‌بعدی پروتئین Rec A جدا شده از باکتری داینوکوکوس گوبینسیس سویه I-O</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_232756.html</link>
      <description>شکست‌های DNA دو رشته‌ای (DSB) از مخرب‌ترین آسیب‌های ناشی از تشعشعات یونیزه‌کننده به سلول است. مقاومت نسبت به شرایط سخت تشعشعات یونیزه‌کننده، نور UV و خشکی از ویژگی‌های خاص اعضاء جنس داینوکوکوس می-باشد. به منظور حفظ بقا در برابر آسیب‌های ناشی از تشعشعات، باکتری داینوکوکوس گوبینسیس سویه I-O دارای پروتئین Rec A است که این پروتئین نقش محوری در ترمیم شکست‌های DSB و نوترکیبی دارد. در این پژوهش، ساختار سه بعدی پروتئین Rec A جدا شده از داینوکوکوس گوبینسیس سویه I-O که به روش تجربی تعیین ساختار نشده است به کمک همترازی با توالی داینوکوکوس رادیودورانس توسط برنامه Swiss model شبیه سازی گردید. نتیجه همترازی صورت گرفته نشان داد که پروتئین Rec A در مقایسه با ژن انسانی 80 درصد مشابهت دارد. به جهت بررسی کیفیت مدل‌سازی، میزان میانگین مربع محاسبه شده در مدل مذکور 56/0 آنگستروم برآورد شد که این مقدار کمتر از 1 بود و نشان دهنده مناسب بودن مدل طراحی شده است. با پیش‌بینی و تعیین ساختارهای سه بعدی و مدل‌سازی پروتئین‌ها می‌توان برهمکنش‌های بین سوبستراها را بررسی کرد و با کمک علم بیوانفورماتیک، در زمینه طراحی داروها ابزاری به موفقیت‌های بزرگی در این حوزه کسب کرد.</description>
    </item>
    <item>
      <title>مقایسه و ارزیابی مدل‌های آماری مختلف برای برآورد وراثت‌پذیری صفات اقتصادی مهم در مرغ بومی ایران با بهره‌گیری از روش‌های بیزی</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_235307.html</link>
      <description>هدف این پژوهش، برآورد وراثت‌پذیری، همبستگی‌های ژنتیکی و فنوتیپی و بررسی اثرات مادری در صفات اقتصادی مرغ‌های بومی ایران در مرکز اصلاح‌نژاد خراسان رضوی (KRBC) بود. اجزای واریانس برای صفات وزن بدن در سنین ۸ (BW8) و ۱۲ (BW12) هفتگی، سن بلوغ جنسی (ASM) ، وزن در بلوغ، تعداد تخم‌مرغ (EN) و میانگین وزن تخم‌مرغ در هفته‌های ۲۸، ۳۰ و ۳۲ (EW) برآورد شد. برای هر صفت، مدل‌های حیوانی شامل و بدون اثرات مادری با روش بیزی و الگوریتم نمونه‌گیری گیبس در نرم‌افزار GIBBS3F90 تحلیل شدند. انتخاب مناسب‌ترین مدل بر اساس شاخص اطلاعات انحرافی (DIC) انجام گرفت. داده‌ها شامل 18000 رکورد از سه نسل مرغ بومی جمع‌آوری‌شده طی سال‌های ۲۰۰۹ تا ۲۰۱۲ بودند. نتایج نشان داد برای صفت سن بلوغ جنسی، مدل شامل اثر ژنتیکی مستقیم بهترین برازش را داشت. در حالی‌که برای وزن در بلوغ و وزن بدن در ۸ و ۱۲ هفتگی، مدل‌های حاوی اثرات ژنتیکی مستقیم، مادری و محیطی دائم مناسب‌تر بودند. برای تعداد تخم‌مرغ، مدل دارای اثرات ژنتیکی مستقیم و مادری، و برای وزن تخم‌مرغ، مدل شامل اثرات ژنتیکی مستقیم و محیطی دائم مادری بهترین نتایج را ارائه داد. وراثت‌پذیری مستقیم بین ۱۳٪ (تعداد تخم‌مرغ) تا ۴۶٪ (وزن تخم‌مرغ) متغیر بود. حذف اثرات مادری موجب بیش‌برآورد وراثت‌پذیری مستقیم در اغلب صفات شد. بنابراین، برای صفات وزن بدن و ویژگی‌های مرتبط با تخم‌مرغ، لحاظ اثرات ژنتیکی مستقیم و مادری در مدل ضروری است. همچنین همبستگی ژنتیکی مثبت بین صفات رشد ( BW8، BW12و وزن بلوغ (با سن بلوغ جنسی مشاهده شد؛ به‌طوری‌که انتخاب برای رشد سریع‌تر ممکن است منجر به افزایش سن بلوغ شود. از آنجا که مرغ‌های بومی دارای کارکرد دوگانه (گوشتی&amp;amp;ndash;تخم‌گذار) هستند، استفاده از شاخص‌های انتخابی که هم‌زمان رشد بالاتر و کاهش سن بلوغ را هدف قرار دهند، برای بهبود عملکرد اقتصادی ضروری است.</description>
    </item>
    <item>
      <title>داربست‌های هیدروژلی کیتوزان&amp;ndash;کراتین غنی ‌شده با عصاره رزماری (Rosmarinus officinalis): بررسی ویژگی‌های فیزیکوشیمیایی و اثر ضد باکتریایی</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_235909.html</link>
      <description>در سال‌های اخیر، استفاده از زیست‌پلیمرهای طبیعی برای توسعه پانسمان‌های هوشمند زخم به ‌منظور بهبود ترمیم بافت و جلوگیری از عفونت‌های باکتریایی مورد توجه گسترده‌ای قرار گرفته است. در این پژوهش، داربست‌های هیدروژلی بر پایه کیتوزان و کراتین حاوی عصاره گیاه رزماری (Rosmarinus officinalis) در غلظت‌های 5/2 و ۵ درصد تهیه شدند. سپس نمونه‌ها برای بررسی ساختار شیمیایی و مورفولوژی توسط طیف‌سنجی مادون قرمز تبدیل فوریه (FTIR) و میکروسکوپ الکترونی روبشی (SEM) مورد ارزیابی قرار گرفتند. آزمون‌های فیزیکی شامل اندازه‌گیری میزان تورم، عبور بخار آب (WVTR) و زیست‌تخریب‌پذیری، و آزمون ضد باکتریایی برای تعیین حداقل غلظت مهارکنندگی (MIC) و حداقل غلظت کشندگی (MBC) در برابر باکتری‌های استافیلوکوکوس اورئوس، اشریشیا کلی و سودوموناس آئروجینوزا انجام شد. نتایج نشان داد افزودن عصاره رزماری موجب تشکیل پیوندهای هیدروژنی، بهبود یکنواختی ساختار، افزایش عبور بخار آب (حدود h۲۴g/mm&amp;amp;sup2;. ۲۹۷۹) و کاهش سرعت تخریب زیستی گردید. همچنین عصاره بیشترین اثر ضد باکتریایی را با مقدار MIC 50 میلی‌گرم بر میلی‌لیتر در برابر باکتری استافیلوکوکوس اورئوس نشان داد. در مجموع، داربست کیتوزان-کراتین حاوی ۵ درصد عصاره رزماری با ویژگی‌های فیزیکی و زیستی مطلوب می‌تواند به عنوان پانسمانی زیست ‌فعال و موثر برای ترمیم زخم‌های عفونی پیشنهاد شود.</description>
    </item>
    <item>
      <title>مطالعه تطبیقی تغییرات جمعیت پلانکتون ها در ساعات روز و شب و ارتباط آن با فاکتورهای اکولوژیکی محیطی در آب سطحی چاه نیمه سوم سیستان و بلوچستان</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_235960.html</link>
      <description>پلانکتون‌ها پایه اساسی زنجیره غذایی و شاخص‌های حساسی برای ارزیابی سلامت اکوسیستم‌های آبی هستند. این مطالعه با هدف بررسی تغییرات شبانه‌روزی تراکم پلانکتون‌ها و ارتباط آن با شرایط فیزیکوشیمیایی و نور، در تالاب چاه‌نیمه سوم انجام شد. در ۱۰ تاریخ بین مرداد تا دی ۱۴۰۳، نمونه‌برداری از آب سطحی در ساعت‌های ۱۰ صبح و ۱۰ شب انجام شد. تراکم گروه‌های پلانکتونی (دیاتومه، کلروفیسه، سیانوفیسه، پروتوزوا، روتیفر و کرستاسه) و پارامترهای فیزیکوشیمیایی (دما، pH،EC ، کدورت) ندازه‌گیری شد .دیاتومه‌ها بیشترین تراکم را داشتند. تراکم سیانوفیسه‌ها در شب کاهش معنی‌داری داشت، در حالی که کلروفیسه‌ها و دیاتومه‌ها همبستگی مثبت و معنی‌داری با تغییرات روز و شب نشان دادند. دما و کدورت نیز در شب کاهش چشمگیری داشتند. یافته‌ها نشان می‌دهد که تراکم پلانکتون‌ها در چاه نیمه سوم تحت تأثیر الگوهای شبانه‌روزی قرار دارد و دما نقش مهمی در این تغییرات ایفا می‌کنند. توجه به زمان نمونه‌برداری برای پایش اکوسیستم‌های آبی ضروری است.</description>
    </item>
    <item>
      <title>سنتز سبز نانوذرات نقره با استفاده از روغن کرچک و بررسی خواص آنتی‌باکتریال و آنتی‌اکسیدانی آن علیه سویه‌های باکتریایی Escherichia coli و Shigella spp.</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_235901.html</link>
      <description>استفاده از روش‌های زیست‌سازگار برای سنتز نانوذرات فلزی به دلیل کاهش اثرات زیست‌محیطی و سمیت شیمیایی مورد توجه بسیاری از پژوهشگران قرار گرفته است. با توجه به افزایش سریع مقاومت آنتی‌بیوتیکی و خطرات روش‌های شیمیایی، هدف این مطالعه سنتز سبز نانوذرات نقره با استفاده از روغن کرچک به عنوان تنها عامل کاهنده و پایدارکننده و بررسی خواص آنتی‌باکتریال و آنتی‌اکسیدانی آن روی باکتری‌های E. coli و Shigella spp. بود. نانوذرات حاصل با روش‌های طیف‌سنجی مادون قرمز (FTIR) و پراش پرتو ایکس (XRD) مشخصه‌یابی شدند. نتایج FTIR وجود گروه‌های عاملی هیدروکسیل، آمیدی و کربوکسیلی را نشان داد که در فرآیند کاهش و تثبیت نانوذرات نقش دارند. الگوی پراش XRD نیز پیک‌های مشخصی در زوایای 2&amp;amp;theta; برابر با ۳۸٫۱، ۴۴٫۳، ۶۴٫۵ و ۷۷٫۴ درجه نشان داد که مربوط به ساختار مکعبی نقره با اندازه متوسط کریستالیت حدود ۱۶٫۸ نانومتر است. مقادیر MIC برای هر دو سویه برابر ۱۵۶٫۲۵ میکروگرم بر میلی‌لیتر و مقادیر MBC به ترتیب ۶۲۵ میکروگرم بر میلی‌لیتر برای E. coli و ۳۱۲٫۵ میکروگرم بر میلی‌لیتر برای Shigella spp. به‌دست آمد. در آزمون آنتی‌اکسیدانی، نانوذرات توانستند رادیکال آزاد DPPH را به میزان ۸۱ درصد در غلظت ۵۰۰ میکروگرم بر میلی‌لیتر مهار کنند و مقدار IC₅₀ برابر ۴۱٫۷۵ میکروگرم بر میلی‌لیتر تعیین شد. نوآوری پژوهش در بهینه‌سازی شرایط سنتز (غلظت ۰٫۱ میلی‌مولار نیترات نقره، نسبت روغن کرچک به پیش‌ماده ۱:۱۰، دمای ۸۰ درجه سانتی‌گراد و زمان ۲ ساعت) می‌باشد که در هیچ مطالعه‌ای با روغن کرچک گزارش نشده است و منجر به دستیابی کوچک‌ترین اندازه کریستالیت و کم‌ترین مقدار IC₅₀ آنتی‌اکسیدانی گزارش‌شده گردید. یافته‌های این پژوهش، روغن کرچک را به‌عنوان یک عامل زیستی بسیار کارآمد و ارزان‌قیمت برای تولید صنعتی نانوذرات نقره با کارایی زیستی برتر معرفی می‌کند و می‌تواند جایگزین مناسبی برای آنتی‌بیوتیک‌ها و آنتی‌اکسیدان‌های شیمیایی در صنایع دارویی و غذایی باشد.</description>
    </item>
    <item>
      <title>XPA-Express: A Python-Based Tool for Transcriptomic Data Analysis with Application to DNA Repair Deficiency</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_230974.html</link>
      <description>DNA repair mechanisms are essential for maintaining genome integrity and preventing genetic instability, which contributes to various diseases, including cancer, aging, and neurodegenerative disorders. Among these pathways, nucleotide excision repair (NER) plays a crucial role in damage recognition and the recruitment of repair components. Deficiencies in DNA repair pathways, such as those involving the xeroderma pigmentosum group A (XPA) protein, compromise repair capacity, leading to hypersensitivity to ultraviolet (UV) radiation and increased cancer susceptibility. Despite the established role of XPA in DNA repair, its broader impact on transcriptional regulation remains underexplored. To address this, we developed a Python-based tool that automates the retrieval, preprocessing, and differential expression (DE) analysis of RNA-seq data. In this study, we applied the tool to the GEO dataset GSE100855, which consists of 48 samples with different XPA statuses. The analysis identified differentially expressed genes, including STK26, PDE8B, and CYP4F3, which exhibited significant changes in expression. These findings illustrate how DNA repair deficiencies, specifically related to XPA, can alter transcriptional programs and demonstrate the utility of this tool for transcriptomic analysis in the context of DNA repair.</description>
    </item>
    <item>
      <title>Integrative Transcriptomic Profiling and Network-Based Analysis Reveal Disease-Specific and Shared Molecular Pathways Across Five Major Ocular Disorders</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_235509.html</link>
      <description>Ocular diseases constitute a heterogeneous group of conditions that collectively cause significant visual impairment and blindness. Despite advances in clinical diagnostics, the molecular mechanisms driving ocular pathology remain insufficiently understood. This study sought to systematically investigate transcriptional dysregulation across five distinct ocular disorders by integrating multi-cohort gene expression datasets. Five GEO microarray datasets, GSE137996 (Congenital Aniridia,n=12), GSE17549 (Choroideremia, n=14), GSE112201 (Corneal Dystrophy, n=20), GSE9944 (Glaucoma, n=10), and GSE29801 (Macular Degeneration, n=12 ) were processed using a standardized pipeline involving background correction, normalization, and gene-level filtering. Differential expression analysis was performed with Limma, and significance was determined using the Benjamini&amp;amp;ndash;Hochberg FDR correction, adjp-value &amp;amp;lt; 0.05, and logFC threshold (|log₂FC| &amp;amp;gt; 1). Protein&amp;amp;ndash;protein interaction (PPI) networks were constructed using STRING and analyzed in Cytoscape, while GO and KEGG enrichment analyses were conducted using Enrichr. Distinct transcriptional signatures were identified across the five disorders, including 112 DEGs in congenital aniridia, 21 in choroideremia, 812 in corneal dystrophy, 32 in glaucoma, and 17 in macular degeneration. PPI networks revealed prominent disease-specific functional clusters, including developmental regulation in aniridia, retinal metabolic pathways in choroideremia, inflammatory and extracellular matrix remodeling pathways in corneal dystrophy, neurodegenerative processes in glaucoma, and oxidative stress responses in macular degeneration. Cross-dataset comparisons highlighted shared molecular themes, including immune activation, stress-response signaling, and extracellular matrix dysregulation. This integrative systems-level analysis provides a comprehensive molecular framework for understanding major ocular disorders. The identification of key regulatory hubs, disease-specific pathways, and shared pathogenic mechanisms offers new perspectives for the development of precision biomarkers and targeted therapeutic strategies. These findings enhance the current molecular understanding of ocular disease biology and establish a scalable analytical foundation for future multi-omics investigations.</description>
    </item>
    <item>
      <title>In silico study on the effects of Glucosamine group on Thermal Stability of Yarrowia lipolytica Lip2 lipase</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_236369.html</link>
      <description>Yarrowia lipolytica is recognized as a promising host for heterologous protein production due to its high secretion capacity. Among its enzymes, lipase plays a crucial role in diverse industrial applications, including detergent, food, cosmetic, pharmaceutical, and environmental sectors. Lip2, the only extracellular lipase of Y. lipolytica, is a glycosylated enzyme composed of 301 amino acids and several disulfide bonds. Its crystal structure reveals two N-glycosylation sites located at N113 and N134. Lip2 exhibits catalytic activity at low temperatures (around 5 &amp;amp;deg;C), shows optimal performance at 37 &amp;amp;deg;C, and rapidly loses activity above 50 &amp;amp;deg;C. To explore the influence of sugar moieties on the thermodynamic stability of Lip2, the complete glycosylated structure was examined through molecular dynamics (MD) simulations. The simulations were carried out using GROMACS 5.1.4 with the CHARMM36M force field at three functional temperatures (300 K, 310 K, and 333 K) for a total production run of 40 ns. The results demonstrated that the glycosylated Lip2 exhibited higher temperature-dependent structural fluctuations, while the deglycosylated form showed enhanced thermostability upon temperature increase. Further analysis revealed that glycosylation affects not only the residues adjacent to the glycosylation sites but also induces conformational changes in distant regions of the protein. This leads to increased residue flexibility and a higher radius of gyration, which was supported by root-mean-square deviation (RMSD) analysis. Additionally, hydrogen bond analysis indicated that the non-glycosylated form maintained a higher number and longer lifetimes of hydrogen bonds across all temperatures, suggesting a more stable folding pattern. In conclusion, the overall stability of the glycosylated Lip2 decreases compared to its non-glycosylated counterpart, potentially due to complex molecular interactions. This in silico study provides new insights into the thermodynamic behavior of Lip2 in aqueous environments and establishes a foundation for future studies on the independent effects of glucosamine groups on enzyme stability.</description>
    </item>
    <item>
      <title>Assessment of antibacterial and antioxidant properties of hydrolyzed soy protein</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_233976.html</link>
      <description>Soy protein, owing to its balanced profile of essential amino acids and its ability to generate bioactive peptides, represents a key resource in the development of innovative food and pharmaceutical products. Controlled hydrolysis of this protein can enhance a broad spectrum of functional properties and bioactivities, including antibacterial potency and free radical scavenging capability. In view of the growing challenge of microbial resistance to antibiotics and the recognized role of antioxidants in preventing chronic diseases, optimizing soybean hydrolysis methods has become a topic of notable importance. In this study, soybean protein was hydrolyzed using three distinct approaches: single‑enzyme hydrolysis, chemical acid hydrolysis, and a combined alkali&amp;amp;ndash;enzyme treatment. The resultant hydrolysates were evaluated for soluble nitrogen (SN/TN), degree of hydrolysis (DH), and bioactive properties. Quantitative analyses revealed that single‑enzyme hydrolysis yielded SN/TN of 30% and DH in the range of 12&amp;amp;ndash;15%, indicating limited enzymatic accessibility due to the structural stability of the protein. Acid hydrolysis achieved an SN/TN of approximately 34% with moderate structural disruption. In contrast, the combined alkali&amp;amp;ndash;enzyme method significantly increased enzymatic accessibility, producing SN/TN above 70% and DH between 38&amp;amp;ndash;42%. Antibacterial assays (disk diffusion) demonstrated marked inhibition against Gram‑positive strains, notably Staphylococcus aureus and Bacillus cereus, with negligible effect on Gram‑negative strains such as Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa. Antioxidant activity, assessed via the DPPH assay, exhibited a linear increase with sample concentration, reaching 58% free radical scavenging at 1000 ppm. Overall, these findings identify the combined alkali&amp;amp;ndash;enzyme approach as an effective strategy for producing high‑quality soybean protein hydrolysates with superior bioactive peptides and functional properties, offering significant potential for application in the food and pharmaceutical sectors.</description>
    </item>
    <item>
      <title>From Fibrosis to Cancer: Emerging Role of the lncRNA MIAT in Liver Pathophysiology and Therapy</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_234493.html</link>
      <description>The long noncoding RNA (lncRNA) myocardial infarction-associated transcript (MIAT) has emerged as a potential regulator of the pathogenesis of various liver diseases, including hepatocellular carcinoma (HCC), liver fibrosis, cirrhosis, nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD), nonalcoholic steatohepatitis (NASH), chronic hepatitis C virus (HCV) infection, and chronic liver disease (CLD). This review summarizes evidence showing that MIAT is overexpressed in liver disease tissues, both in human patients and in animal models. In these contexts, MIAT functions as a competing endogenous RNA (ceRNA), sponging microRNAs such as miR-3085-5p, miR-214, miR-411-5p, miR-520d-3p, miR-22-3p, and miR-149-5p. These interactions activate key signaling pathways, including the Hippo/YAP, Wnt/&amp;amp;beta;-catenin, TGF-&amp;amp;beta;/Smad, PI3K/AKT, NF-&amp;amp;kappa;B, and STAT3/PD-L1 pathways which collectively promote HSCs activation, epithelial mesenchymal transition (EMT), extracellular matrix (ECM) deposition, and cell proliferation. In HCC, MIAT expression is correlated with advanced tumor stage, poor clinical prognosis, and resistance to targeted therapies such as sorafenib. In liver fibrosis and other CLDs, MIAT sustains inflammatory and oxidative stress responses, thereby linking diverse etiologies, including viral infection and metabolic syndrome. Moreover, MIAT modulates hepatitis C virus (HCV) replication by suppressing innate immune signaling through RIG-I/IRF3 inhibition while enhancing hepatic lipogenesis. Unlike other lncRNAs, such as H19, NEAT1, and TUG1, MIAT uniquely integrates inflammatory, fibrogenic, and oncogenic pathways. Circulating MIAT can also serve as a noninvasive biomarker for early diagnosis and prognostic assessment. Therapeutically, MIAT silencing via siRNAs, antisense oligonucleotides (ASOs), or CRISPR-based strategies has demonstrated both antifibrotic and antitumor efficacy in preclinical models. Key limitations include disease-specific variability and insufficient validation in human studies.</description>
    </item>
    <item>
      <title>نانوذرات در مایعات بیولوژیکی شتر: مروری بر مرزی امیدوارکننده در درمان سرطان</title>
      <link>https://ibhf.shandiz.ac.ir/article_240546.html</link>
      <description>سرطان همچنان یکی از چالش‌های اصلی سلامت جهانی است و محدودیت‌های درمان‌های آنتی‌بادی متداول، نیاز به رویکردهای نوین را برجسته کرده است. نانواجسام مشتق از مایعات زیستی شتر، به‌ویژه نانوبادی‌ها و اگزوزوم‌ها، به دلیل ویژگی‌های منحصربه‌فرد ساختاری، به عنوان نامزدهای امیدوارکننده‌ای در این حوزه مطرح شده‌اند. هدف این مطالعه مروری، بررسی جامع پتانسیل‌های تشخیصی و درمانی این نانوذرات است. این مطالعه به‌صورت مرور روایتی (Narrative Review) با جستجو در پایگاه‌های اطلاعاتی PubMed، Scopus و Google Scholar در بازه زمانی ۲۰۰۰ تا ۲۰۲۵ انجام شد. بررسی متون نشان می‌دهد که نانوبادی‌های شتر به دلیل اندازه کوچک و پایداری بالا، نفوذ عمیق‌تری به بافت‌های توموری داشته و قادرند مسیرهای تکثیر و رگ‌زایی را مهار کنند. همچنین، اگزوزوم‌های شیر شتر به‌عنوان نانوحامل، اثربخشی داروها را افزایش داده و بر مقاومت دارویی غلبه می‌کنند. پیشرفت‌های اخیر در ایمونوتراپی و سلول‌های CAR-T مبتنی بر نانوبادی نیز نتایج امیدبخشی نشان داده‌اند. نانواجسام مشتق از شتر پتانسیل بالایی برای تبدیل‌شدن به رکن اصلی درمان‌های هدفمند سرطان دارند. با این حال، تحقیقات آتی باید بر استانداردسازی تولید و افزایش پایداری آن‌ها در گردش خون متمرکز شود.</description>
    </item>
  </channel>
</rss>
